El objetivo del estudio consiste en explorar las relaciones existentes entre la práctica habitual de ejercicio físico y la inteligencia emocional percibida, controlando el efecto de la tipología circadiana. Participaron 1011 adultos sanos (649 mujeres, 18-50 años) de tipología circadiana intermedia que completaron la Trait Meta-Mood Scale-24 (TMMS-24), formada por las dimensiones atención emocional, claridad emocional y reparación emocional, y un cuestionario de datos sociodemográficos donde se incluían cuestiones sobre la práctica de ejercicio físico. Los participantes que afirmaron practicar ejercicio físico habitualmente mostraron mayores niveles de claridad emocional y reparación emocional que aquellos que no se ejercitaban de manera habitual (p < 0,016; en todos los casos). Asimismo, las mujeres mostraron mayores niveles de atención emocional, independientemente del ejercicio físico (p < 0,002). La práctica habitual de ejercicio físico se encuentra relacionada con la inteligencia emocional percibida. Concretamente, aquellas personas que se ejercitan habitualmente muestran mayor capacidad para definir, distinguir y describir las emociones, así como para modificar las emociones negativas interrumpiéndolas y promover las positivas. Nuestros resultados enfatizan la importancia del ejercicio físico en la salud mental, ya que las relaciones observadas se producen en dimensiones de inteligencia emocional con un importante papel protector frente al desarrollo de problemas y alteraciones psicológicas.