Desarrollar el pensamiento crítico es un objetivo primordial en la educación actual, que capacita al alumnado para afrontar los nuevos retos del mundo de hoy. Una estrategia para fomentarlo es el debate, favoreciendo la interconexión de posturas opuestas a través de la indagación, la argumentación, etc. Este trabajo presenta los resultados de una actividad de debate sobre el dilema entre aplicar una metodología tradicional o innovadora en la enseñanza de las ciencias implementada con 40 profesores en formación del máster de Educación Secundaria de la Universidad de Málaga (España) durante el curso 2021-2022. La actividad consistió en que todos los alumnos tomaran inicialmente una decisión sobre si aplicar una metodología tradicional o innovadora en la enseñanza de las ciencias. El formato del debate incluía una introducción al problema, intervenciones individuales a favor y en contra del problema, un debate de cinco minutos y una declaración final. Por último, todos los alumnos toman una decisión final sobre el problema. El análisis de la toma de decisiones inicial reveló que la opción principal era la metodología innovadora, con un cambio de postura mínimo tras el debate. Inicialmente, los profesores en formación presentaron argumentos carentes de justificación, pero esto mejoró significativamente tras la actividad, lo que indica el desarrollo de habilidades de argumentación. Las pruebas aportadas se centraron sobre todo en los aspectos educativos y sociales del aprendizaje.