Las Mutuas colaboradoras con la Seguridad Social, son sometidas al control que cada año es realizado por la Intervención General de la Seguridad Social (IGSS). El informe de auditoría, fruto de esta labor, expresa una opinión profesional sobre los estados contables de la Mutua Colaboradora a partir de los datos que ésta ofrece.
Un informe de auditoría sobre FREMAP en el ejercicio de 2008, fue recurrido por esta Mutua Colaboradora ante la Audiencia Nacional. Este documento, exigía una serie de reintegros a la Seguridad Social, por presuntas tarifas indebidamente imputadas como consecuencia de la realización de gastos no asumibles, por diferentes conceptos tales como pagos y retribuciones abonadas indebidamente a colaboradores, empresarios y miembros de la Junta Directiva, así como actividades que no pueden incluirse en la gestión colaboradora de la Seguridad Social desarrollada por las Mutuas. Finalmente, la Audiencia concedió parcialmente la pretensión de FREMAP.