El objetivo de este trabajo fue analizar el efecto sobre la atención de escolares de dos programas de actividad física (moderada y alta intensidad). Participaron 94 niños (n = 52) y niñas (n =42), (Edad M = 8,20; DT = 0,70) de la ciudad de Granada (España). Se empleó un diseño cuasi-experimental con un grupo control y otro experimental. Se analizó amplitud de la atención y atención selectiva. Como variable de control se evaluó la aptitud cardiorrespiratoria a través de consumo de oxígeno máximo y la velocidad pico alcanzada durante actividad aeróbica máxima. Se aprecian efectos significativos a favor del programa de alta intensidad sobre dos pruebas de span atencional y ejercicios de atención selectiva, así como en valores de condición física. Se concluye que la práctica física de alta intensidad intermitente, practicada de manera regular, podría tener implicaciones positivas sobre el rendimiento cognitivo de niños y que la mejora de la condición física podría ser uno de los factores vinculados a estos cambios.