Objetivo. Identificar la presencia del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú. Materiales y métodos.
Se recolectaron muestras de agua en los efluentes de nueve hospitales del Perú durante marzo y septiembre de 2022
y se realizó la identificación de SARS-CoV-2 mediante secuenciación Illumina. Las asignaciones de variantes, linajes y
clados se llevaron a cabo con las herramientas Illumina y Nextclado. Verificamos si las variantes de SARS-CoV-2 obtenida
de las aguas residuales fueron similares a las reportadas por el Instituto Nacional de Salud del Perú procedentes
de pacientes durante el mismo período y región. Resultados. Dieciocho de las 20 muestras de aguas residuales hospitalarias
(90%) proporcionaron secuencias con la calidad suficiente para ser clasificadas como variante Ómicron según
la clasificación de la OMS. Entre ellos, seis (30%) fueron asignados por Nextclade a los clados 21K linaje BA.1.1 (n=1),
21 L linaje BA.2 (n=2) y 22B linajes BA.5.1 (n=2) y BA.5.5 (n=1). Conclusiones. Se encontraron variantes del SARSCoV-
2 en muestras de aguas residuales hospitalarias y que fueron similares a las reportadas por el sistema de vigilancia
en pacientes durante las mismas semanas y áreas geográficas. El monitoreo de aguas residuales podría proporcionar
información sobre la variación ambiental y temporal de virus como el SARS-CoV-2.