La enfermedad de Alzheimer (AD), principal causa de demencia y discapacidad, es la patología neurodegenerativa más prevalente en los mayores de 65 años y para la cual no existe un tratamiento efectivo. Se trata de una proteinopatía compleja caracterizada por la agregación y acumulación extracelular del péptido β-amiloide en forma de placas amiloides, y a nivel intracelular de la proteína tau hiperfosforilada en forma de ovillos neurofibrilares. Las terapias dirigidas contra ambas lesiones proteicas no han conseguido demostrar todavía beneficio clínico significativo en los pacientes, lo que indica que existen otros mecanismos patogénicos aún sin resolver. En los últimos años, la microglía, células inmunes innatas del cerebro, se ha revelado como factor clave en la AD de tipo esporádico, ya que diversos factores de riesgo genético vinculan la disfunción de estas células gliales con la patogénesis de la enfermedad. La mayor parte de los estudios se han realizado en modelos animales transgénicos para esta enfermedad, sin embargo, la traslación de los resultados de modelos a pacientes no ha tenido éxito, siendo necesario estudiar en detalle la respuesta de estas células gliales en cerebro humano. A día de hoy, aún no se han determinado los diferentes estados funcionales que pueden adoptar la microglía a lo largo del continuo Alzheimer, las diferencias regionales, o la implicación de diferentes subpoblaciones mieloides a la patología humana. Además, tampoco está claro si se produce infiltración de monocitos circulantes en el cerebro de los pacientes, debido a la dificultad de diferenciar ambas poblaciones mieloides a nivel morfológico y molecular. El desarrollo de futuras terapias efectivas dirigidas a modular la microglía requiere conocer todos estos aspectos en muestras humanas.