Esta tesis se centra en el estudio de la interacción de los geminivirus con su hospedador. Los geminivirus son una familia de pequeños virus no envueltos con genomas que comprenden uno o dos ADN circulares de cadena sencilla de 2.5 a 5.2 kilobases. Los geminivirus infectan a una amplia variedad de especies de plantas y son transmitidos por varios insectos pertenecientes a cuatro familias de homópteros (moscas blancas, saltamontes, afídos y membrácidos). Los geminivirus son patógenos de gran relevancia en plantas ya que causan enfermedades muy perjudiciales al infectar cultivos de alto interés para la producción de alimentos, piensos y fibras en la mayoría de las regiones tropicales y subtropicales del mundo. Esta es una tesis por compendio de publicaciones que se divide en 3 capítulos que recogen los resultados de 3 líneas de investigación relacionadas entre sí. En el primer capítulo se centra en el estudio de la interacción geminivirus-hospedador, concretamente en el caso del begomovirus Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) y tomate (Solanum lycopersicum cv. Moneymaker). En este estudio, se examinó la respuesta de la planta de tomate a la infección del geminivirus TYLCV a lo largo de diferentes etapas de la infección. Se ha realizado un análisis del transcriptoma de ARNm y los pequeños RNA. Además, se investigaron los cambios en el metiloma del huésped después de 14 días de infección por TYLCV. Esta estrategia permitió obtener una visión integral de la interacción entre el virus y la planta y su impacto en la expresión génica y la metilación del ADN. El segundo capítulo lo conforma el artículo “Characterization of Curtovirus V2 Protein, a Functional Homolog of Begomovirus V2” que como su nombre indica se centra en la caracterización de la proteína V2 del curtovirus Beet curly top virus (BCTV) cuya principal función es la de supresor del silenciamiento post-transcripcional.