Se presenta una evaluación de la funcionalidad del sistema territorial de la subregión hidrológica del río San Pedro comprendida dentro de la reserva de la biosfera de “Marismas Nacionales” y su área de influencia (Nayarit, México). El análisis se basa en el concepto de degradación geoecológica y emplea una metodología que parte de la delimitación de unidades homogéneas basadas en criterios hidrogeomorfológicos. Como insumo principal de este método se ha generado una cartografía de los usos del suelo prestando especial atención a las intervenciones de tipo antrópico. A continuación, se han cuantificado las intervenciones humanas generadoras de pérdida de naturalidad para posteriormente transferir los resultados a las unidades homogéneas (hidrogeomofológicas). De éstos se deduce que la naturalidad del paisaje decrece desde la costa hacia el interior del continente en un gradiente que está fuertemente determinado por la aptitud del terreno para el aprovechamiento humano. Las unidades de planicie, situadas en la franja oriental y central de la zona de estudio, aparecen con un alto grado de alteración. Mientras tanto los frentes deltaicos, que son terrenos algo menos propicios para la actividad agrícola conservan un mayor grado de naturalidad. A medida que el territorio pasa a la interfaz costera-continental, acercándose a la costa, la aptitud del terreno para las actividades agrícolas decrece y la degradación geoecológica también. Se observa, por tanto, una clara relación entre la degradación del paisaje y la configuración del relieve, la cual a su vez está determinada por la dinámica geomorfológica de estos terrenos