Hoy en día, el uso de técnicas capaces de manejar las nuevas demandas del complejo entorno en el que se ven envueltas las instituciones de educación superior resulta altamente adecuado. En esta línea, se propone una combinación del método multicriterio MRP-WSCI con el análisis no paramétrico DEA para la evaluación del Sistema universitario público español. Esta combinación permite tener en cuenta como resultados todos los aspectos considerados relevantes para evaluar el desempeño universitario e incorporar los recursos, de distinta naturaleza, que utilizan las universidades. Para ilustrar esta combinación, se analizan las 47 universidades presenciales públicas españolas para el curso académico 2016-2017. Primero, la construcción de los indicadores compuestos MRP-WSCI se ha llevado a cabo en dos etapas (agregación de los indicadores individuales en los diferentes sub-bloques correspondientes, y luego agregación de los sub-bloques a las correspondientes misiones). En la primera etapa de agregación, dado que la información proporcionada por los indicadores individuales dentro de los correspondientes sub-bloques es homogénea, se permite una compensación completa entre ellos. En la segunda etapa, se proporcionan diferentes grados de compensación entre los sub-bloques (compensatorio y no compensatorio). Segundo, los indicadores compuestos MRP-WSCI son utilizados, a posteriori, como outputs en el análisis DEA. Cabe mencionar que la construcción de los indicadores compuestos se ha llevado a cabo en un entorno robusto con respecto a los pesos de los indicadores y sub-bloques. De esta manera, además de analizar el rendimiento de las universidades públicas españolas, desde los dos escenarios de compensación, mediante el método MRP-WSCI, también se lleva a cabo un doble análisis de eficiencia, en el que los indicadores de resultados (compensatorios y no compensatorios) son confrontados con los recursos disponibles por cada una de las universidades.