La investigación político-criminal a nivel comparado busca entender y explicar las semejanzas y diferencias entre sistemas penales a partir de distintos criterios de comparación. En ese contexto, el instrumento RIMES busca comparar sistemas penales a partir del nivel de exclusión social que determinadas reglas y prácticas punitivas generan sobre los colectivos prioritarios del sistema penal: sospechosos, procesados, condenados y excondenados. Si bien este instrumento fue diseñado para ser aplicado a sistemas penales del norte global, actualmente se viene explorando su aplicabilidad en sistemas penales del sur global, concretamente en ordenamientos penales sudamericanos. La presente comunicación tiene como objetivo discutir los desafíos metodológicos encontrados durante la aplicación exploratoria del RIMES en tres sistemas penales sudamericanos: Chile, Perú y Colombia. Los hallazgos preliminares muestran la importancia de tener en cuenta las características y tradiciones político-criminales propias de estos ordenamientos al momento de aplicar el instrumento, así como de valorar críticamente los resultados obtenidos.