Los estudios didácticos desarrollados en la etapa de Formación Profesional y relacionados con la enseñanza-aprendizaje de contenidos teóricos y prácticos sobre microscopía son escasos y poco representativos. Esta investigación tiene como objetivo la identificación de las principales dificultades que afronta el alumnado de los ciclos formativos en «Técnico Superior en Anatomía Patológica y Citodiagnóstico» y «Técnico Superior en Laboratorio Clínico y Biomédico» durante el trabajo de aula con diferentes herramientas de microscopía, el cual es fundamental para alcanzar las competencias profesionales de ambos ciclos. Participaron 176 estudiantes de dos centros de Málaga (España), que cumplimentaron un cuestionario diseñado ad hoc de 14 preguntas: 10 cerradas con escala de Likert y 4 abiertas. Los resultados preliminares indican que las observaciones directas con el microscopio son sustituidas por el alumnado por la toma de fotografías con sus propios teléfonos móviles, lo que dificulta la adquisición de competencia en su manejo.