Los contaminantes emergentes son compuestos que se utilizan de forma muy común en la sociedad actual y que están siendo constantemente liberados al medio ambiente. En la actualidad, a consecuencia de una falta de investigación y regulación legal, se sabe relativamente poco sobre los efectos que pueden tener estos contaminantes a largo plazo sobre la salud humana y ambiental. Algunos de los contaminantes emergentes que generan mayor preocupación son los fármacos (especialmente los antibióticos), las drogas de abuso, los pesticidas y los productos de higiene personal. El objetivo del presente estudio fue detectar la presencia de contaminantes emergentes, tanto en aguas superficiales como en aguas subterráneas de acuíferos aluviales de la cuenca del río Guadalhorce. Para ello se seleccionaron 32 puntos de muestreo (20 subterráneas y 12 superficiales) distribuidos a lo largo de las subcuencas que componen la zona de estudio. Los resultados revelan la presencia de contaminantes emergentes en todas las muestras analizadas. En las aguas superficiales se detectaron 19 contaminantes emergentes diferentes, principalmente fármacos, mientras que en las aguas subterráneas se hallaron 25 contaminantes emergentes diferentes, mayoritariamente plaguicidas.