En este trabajo pretendemos determinar si el proceso de innovación y su impacto sobre la productividad del trabajo en empresas de servicios difieren según el grado de intensidad en conocimiento de los distintos subsectores de actividad. Para ello, se han utilizado los microdatos del Panel de Innovación Tecnológica (PITEC) para la economía española durante el periodo 2008-2013, y aplicado el modelo estructural CDM, que incluye ecuaciones sobre la decisión de realizar I+D, el nivel del esfuerzo innovador, la producción de innovación y la productividad empresarial. En las dos submuestras de empresas analizadas, cuya distinción radica en el grado de intensidad en conocimiento que incorporan, se observan similitudes en cuanto a los factores determinantes de la innovación y la intensidad de la misma; un efecto positivo del valor predicho de la intensidad en I+D sobre el output del proceso innovador, y un impacto positivo de este último sobre la productividad, si bien en estas dos últimas etapas del modelo, las diferencias entre las submuestras son notables.